哺乳動(dòng)物驅(qū)動(dòng)蛋白的計(jì)算基因組學(xué)分析與鑒定

提供了一種新穎的、基于比較基因組學(xué)方法的全長(zhǎng)驅(qū)動(dòng)蛋白預(yù)測(cè)方法(full-length kinesin prediction program,FKPP),用于哺乳動(dòng)物中驅(qū)動(dòng)蛋白質(zhì)組的鑒定與研究.之前的預(yù)測(cè)認(rèn)為,哺乳動(dòng)物共含94個(gè)驅(qū)動(dòng)蛋白,而用FKPP從哺乳動(dòng)物的基因組中總共鑒定出134個(gè)可能的驅(qū)動(dòng)蛋白基因.基于數(shù)據(jù)庫(kù)中存在的片段序列,用FKPP鑒定出25個(gè)可能的全長(zhǎng)驅(qū)動(dòng)蛋白.此外,用FKPP方法發(fā)現(xiàn)人的動(dòng)點(diǎn)馬達(dá)蛋白CENP-E應(yīng)包含2701個(gè)氨基酸,而不是當(dāng)初根據(jù)克隆預(yù)測(cè)的2663個(gè)氨基酸.通過(guò)對(duì)CENP-E的cDNA進(jìn)行重測(cè)序,并同時(shí)采用特異性識(shí)別FKPP預(yù)測(cè)的CENP-E多肽抗體予以實(shí)驗(yàn)評(píng)估,結(jié)果表明,FKPP預(yù)測(cè)的CENP-E氨基酸序列是正確的.為此,本研究利用FKPP對(duì)哺乳動(dòng)物的驅(qū)動(dòng)蛋白進(jìn)行了重新分類.鑒于目前公共數(shù)據(jù)庫(kù)含有較多非全長(zhǎng)序列的蛋白片段,FKPP可提供一個(gè)具有顯著效率且準(zhǔn)確新穎的全長(zhǎng)序列預(yù)測(cè)手段,用于驅(qū)動(dòng)蛋白以及其他蛋白家族的分子鑒定.

作 者： 薛宇 劉丹 符傳孩 竇震 周慶 姚雪彪   作者單位： 薛宇,劉丹,符傳孩,竇震,姚雪彪(中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)細(xì)胞動(dòng)力學(xué)實(shí)驗(yàn)室及合肥微尺度物質(zhì)科學(xué)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室,合肥,230027)

周慶(中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)細(xì)胞動(dòng)力學(xué)實(shí)驗(yàn)室及合肥微尺度物質(zhì)科學(xué)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室,合肥,230027;浙江大學(xué)農(nóng)學(xué)院,杭州,310003) 

刊 名： 科學(xué)通報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE SCIENCE BULLETIN  年，卷(期)： 2006 51(14)  分類號(hào)： Q95  關(guān)鍵詞： 驅(qū)動(dòng)蛋白   比較基因組學(xué)   CENP-E   全長(zhǎng)驅(qū)動(dòng)蛋白預(yù)測(cè)方法(FKPP)  

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